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教你一招:如何從一份土壤樣本中同時提取微生物RNA和DNA
作者:   發表時間:2019-09-03


環境微生物組最常見的樣本類型就是土壤,但土壤樣本種類繁多、組分也相對復雜,并且微生物細胞緊緊吸附在土壤顆粒表面且有大量的抑制劑存在,使得從土壤樣本中獲取無偏好、高質量的微生物總DNA或RNA具有很大難度。



(一)為什么土壤樣本微生物核酸很難提取的比較好呢?

1

微生物裂解不充分,核酸不能夠充分釋放,也會影響微生物多樣性的評估

2

土壤種含有的很多抑制劑:腐殖質(腐植酸,黃腐酸等腐殖質)含量高,去除不好會嚴重影響下游PCR,文庫構建等一系列下游實驗。



(二)QIAGEN如何做到土壤樣本微生物充分裂解和抑制劑徹底去除呢?


新一代珠磨研磨管——微生物高效裂解法寶

如何高效裂解土壤中的微生物細胞是萬里長征的第一步,否則不能保證微生物多樣性。這個裂解管有三大作用:幫助分散土壤顆粒;有效提高微生物和裂解珠碰撞幾率;高效裂解革蘭氏陽性菌。

比如:

 

A. 1.8ml白念珠菌分別用DNeasy PowerSoil Kit及DNeasy PowerSoil Pro Kit提取結果比較。

B、250mg堆肥、粘土、表層土壤樣本分別用DNeasy PowerSoil Kit及DNeasy PowerSoil Pro Kit提取結果比較。


第二代IRT技術——腐植酸

困擾土壤樣本DNA提取的最大問題是其中的腐殖質(腐植酸,黃腐酸等腐殖質)含量高。腐植酸由有機物降解形成,并使得土壤呈現黑顏色(苯醌基的分子結構)。腐植酸分子都含有羧基和酚基,分子量大小不一,它們與核酸一樣都是大分子親水性陰離子聚合物,很容易在最后步驟和核酸一起被抽提出來。

QIAGEN的一種創新的專利方法,我們稱之為第二代抑制劑去除技術(IRT),專為高腐植酸含量的環境樣品所設計,難以處理的土壤樣本類型等如堆肥,沉積物和肥料等。經升級版的IRT技術處理后的DNA可獲得A260/280比值接近1.8的保證,核酸A260/230比值也是同類產品中最高的。

比如:

 

市面上常見各款試劑盒抽提250mg土壤樣本DNA質量比較。

A. DNeasy PowerSoil Pro Kit A260/280比值最接近1.8  

B. DNeasy PowerSoil Pro Kit A260/230比值最高


MB硅膠膜離心柱——高品質DNA又一保證

眾所周知的QIAGEN硅膠膜品質,我們無需贅述了。在這一款全新土壤微生物DNA純化試劑中,可以說QIAGEN將結合、洗滌、洗脫的buffer和專用微生物核酸硅膠膜離心柱MB Spin Column的使用配合達到了最優化配置。


 QIAGEN在微生物組研究領域的領導地位

作為樣本制備,二代測序和數據分析研究解決方案的行業先驅,QIAGEN是全球微生物組研究計劃的知名支持者。國際微生物組項目如人類微生物組計劃(HMP),地球微生物組計劃(EMP)和地鐵微生物組聯盟計劃(Meta SUB)都正在使用及推薦QIAGEN的微生物組產品。



(三)為什么QIANGEN可以同時從土壤樣本中同時提取RNA和DNA?

同一份土壤樣本,按照操作步驟先把RNA洗脫下來,再利用一個DNA洗脫柱就可以完美的分離一份土壤樣本中的RNA和DNA。

 



這么好的產品一定要搞點事情


為了讓大家可以更好的體驗土壤RNA+DNA產品線的組合效果,從即日起QIAGEN正式推出“土壤RNA+DNA同時提取專享促銷方案”,廣東地區用戶可享受以下產品62折優惠,讓您在今夏能夠更好的親自去體驗最佳土壤RNA+DNA分離方法。

活動持續到2019年10月22日,趕快抓緊時間訂購吧!



產品信息/參數


產品 貨號 促銷價(兩個貨號同時購買即可享受超值優惠價
RNeasy PowerSoil Total RNA Kit 12866-25 3274元
RNeasy PowerSoil DNA Elution Kit 12867-25


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